Po dlouhých letech hledání řešení nové čistírny odpadních vod pro Prahu vytvořila podmínky pro současnou koncepci „přestavby a rozšíření" povodeň v roce 2002. Prostor východně od areálu ÚČOV – známý jako „zahrádky" – byl tehdy z pozemků hlavního města pokládán za nedostupný. Povodeň, která se v roce 2002 převalila přes Císařský ostrov, odplavila půdu v prostoru zahrádek a znehodnotila ji takovým způsobem, že by její obnova trvala léta. Tím se otevřela cesta k rozšíření čistírny přímo na ostrově.

Již v roce 2004 vznikla Studijní situační zpráva – Rekonstrukce ÚČOV na Císařském ostrově s využitím území zahrádek (Hydroprojekt CZ a. s.). Ta byla podkladem pro změnu územního plánu Z 1525/00, schválenou zastupitelstvem hl. m. Prahy v roce 2005 s platností od května 2006. V témže roce bylo získáno kladné posouzení vlivů na životní prostředí (EIA) a podána žádost o rozhodnutí o umístění stavby.

V roce 2006 bylo rozhodnuto o etapizaci výstavby, v roce 2007 pak s ohledem na zvýšenou ochranu životního prostředí v Trojské kotlině řešit NVL jako plně zakrytou a původně kruhové dosazovací nádrže nahradit podélně protékanými. Výsledkem této etapy investorské přípravy bylo v roce 2009 získání pravomocného rozhodnutí o umístění stavby zahrnujícího společně NVL a Hlavní čerpací stanici.

Soubor staveb se původně skládal z etap 0001 – NVL, 0002 – SVL, 0003 – Kalové hospodářství Drasty, 0004 a 0005 – Nátokové labyrinty a 0006 – Štola Drasty. Příprava přenesení kalového hospodářství k obci Drasty se ukázala jako územně neprojednatelná a etapa 0003 zůstala součástí souboru jen jako Kalové hospodářství (KH) bez umístění; štola Drasty (0006) byla z tohoto důvodu vedena jako neobsazená. Při upřesňování zadání NVL byly z její projektu vyčleněny objekty zahrnuté do samostatné etapy 0007 – Nátoky na ÚČOV (jejím jádrem je HČS). Jako poslední byla k souboru přiřazena etapa 0008 – Kompenzační opatření, bez jejíhož schválení by nebylo možné získat stavební povolení pro NVL.

Soubor staveb byl postupně doplněn o etapu 0009 – Retenční nádrže pravý břeh, 0010 – Retenční nádrže levý břeh a 0011 – Energocentrum nízkopotenciálního tepla 180 MW. V současné době se soubor staveb skládá z těchto etap: 0001 – Nová vodní linka (NVL), 0002 – Stávající vodní linka (SVL), 0003 – Kalové a energetické hospodářství (KEH), 0004 – Nátokový labyrint levý břeh, 0005 – Nátokový labyrint pravý břeh, 0006 – neobsazeno, 0007 – Nátoky na ÚČOV, 0008 – Kompenzační opatření, 0009 a 0010 – Retenční nádrže a 0011 – EGC NPT 180 MW. Samostatně je řešena fotovoltaika na ÚČOV (postupně po jednotlivých objektech, celkový odhadovaný výkon cca 6 975 kWp) a problematika doplnění NVL a SVL podle Směrnice (EU) 2024/3019 o čištění městských odpadních vod (terciární a kvartérní čištění, energetická soběstačnost).

NVL je od 3. 1. 2026 v trvalém provozu jako celek (kolaudace UV dezinfekce k 31. 12. 2025). U SVL byly 2. 3. 2026 podepsány smluvní dokumenty se Společností pro rekonstrukci SVL (vedoucí SMP Vodohospodářské stavby / Vinci Construction CS) s cenou 4 786 601 698 Kč bez DPH a dobou realizace 43 měsíců; odstavení SVL z provozu je plánováno do 30. 9. 2026, předání staveniště zhotoviteli k 1. 10. 2026. KEH má převzatou Technickou studii (31. 12. 2025) a zahájené práce na DPS. Etapa 0004 byla zahájena předáním staveniště 8. 10. 2025 a bude dokončena do 04/2028. Etapa 0008 – definitivní uzávěr plavebního kanálu Troja je dokončena (kolaudace v právní moci 3. 11. 2025).

„Celková přestavba a rozšíření ÚČOV na Císařském ostrově" je programem dlouhodobým – jednou z nejsložitějších modernizací vodohospodářské infrastruktury hlavního města Prahy. Podstatné je, aby byl všemi účastníky a především hlavním městem Prahou dál krok za krokem realizován.